無菌車間一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌車間外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌車間和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩定性是無菌車間的核心驗收指標。業內通行的驗收標準為100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落，但由于持續穩定性難以測試，所以國內凈化工程企業經常出現3年翻新現象，導致性價比縮水；而國際品牌工程，由于普遍按歐美環境指標執行，很難考慮國內建筑材料適應性，所以也經常發生穩定性失常狀況。在通行標準之外，國內工程還設有自身執行的長期維護、選材指標，凈化能力和環境適應力遠超國際品牌。
以下羅列出無菌車間在操作過程中需要注意的相關事項：
1.安全注意事項嚴格無菌操作，防止微生物污染；操作人員進入無菌車間應先關掉紫外燈。
2.無菌車間應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20-24℃，濕度保持在45-60%。超凈臺潔凈度應達到100級。
3.無菌車間應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。嚴防一切滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4.無菌車間應定期用適宜的消毒液滅菌清潔，以保證無菌車間的潔凈度符合要求。
5.需要帶入無菌車間使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法滅菌。
6.工作人員進入無菌車間前，必須用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌車間進行操作。
7.無菌車間使用前必須打開無菌車間的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌車間，再用紫外燈輻照滅菌20分鐘。
8.供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用70％的酒精棉球消毒外表面。
9.凡帶有活菌的物品，須經消毒后，才能在水龍頭下沖洗，嚴禁污染下水道。
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